Sau Hiệp định Genève, ông tập kết ra Bắc và viết tiểu thuyết Đất nước đứng lên, kể về cuộc kháng chiến chống Pháp của người Ba Na, tiêu biểu là anh hùng Núp và dân làng Kông-Hoa, dựa trên câu chuyện có thật của anh hùng Đinh Núp. Tác phẩm khi xuất bản được nhiều người yêu thích và hâm mộ. Sau này cuốn truyện được dựng thành phim.

Năm 1962 ông trở lại miền Nam, lấy bí danh Nguyễn Trung Thành, hoạt động ở khu V, là Chủ tịch chi hội Văn nghệ giải phóng miền Trung Trung Bộ, phụ trách Tạp chí Văn nghệ Quân giải phóng của quân khu V. Thời gian này ông sáng tác truyện Rừng xà nu.

Sau chiến tranh, ông có thời gian làm Phó Tổng thư ký Hội Nhà văn Việt Nam, Tổng biên tập báo Văn nghệ. Trong thời kỳ Đổi mới và phong trào Cởi Mở, ông đã có những đổi mới quan trọng về nội dung tư tưởng của tờ báo và được coi là người có công phát hiện, nâng đỡ nhiều nhà văn tên tuổi sau này như Nguyễn Huy Thiệp, Nguyễn Ngọc Tư, Phạm Thị Hoài... Ông cũng dành nhiều tình cảm trân trọng đối với các nhà văn khác như Nguyễn Thi, Nguyễn Minh Châu, Nguyễn Khải.

Tuy nhiên, khoảng đầu thập niên 1990, báo Văn nghệ một số lãnh đạo đảng Cộng sản chính thức phê phán là "chệch hướng"[cần dẫn nguồn]. Sau đó, Nguyên Ngọc đã từ chức Tổng biên tập và nghỉ hưu. Người kế nhiệm ông là nhà báo Hữu Thỉnh.